Rute bus Transjakarta telah cukup banyak dioperasikan. Ada beberapa rute yang menerapkan jam operasional khusus di hari tertentu.
Sebagai pengingat untuk para penumpang bus Transjakarta, berikut daftar rute dengan jam operasional khusus:
| Rute | Hari | Jam |
| 4F, 5B, 6H, 8C, 8K, 11Q, 12B | Hari Kerja (Senin – Jumat) | 05.00 – 20.00 |
| 1F, 1N, 1P, 6R, 7C, 7D | Hari Kerja (Senin – Jumat) | 05.00 – 10.00 dan 15.00-20.00 |
| GR4 | Rabu – Sabtu | 09.00 – 17.00 |
| GR5 | Setiap Hari | 09.00 – 17.00 |